La Casa di San Bonaventura sorgeva sul lato meridionale della città, sulla parete a picco della rupe. La famiglia del Santo vi abitò fino al XVI secolo. In seguito venne trasformata in chiesa e dedicata a San Bonaventura. Fu danneggiata gravemente con il terremoto del 1695, abbandonata, fu poi ricostruita nel 1703. Parte delle sue fondazioni nel 1797 precipitarono nella valle sottostante e nel 1814 fu dichiarata del tutto inutilizzabile. Poi nel 1846 le pietre residuali della Chiesa furono trasportate, in processione, a Bagnoregio e utilizzate per la costruzione di una cappella dedicata al Santo nella nuova chiesa di S. Francesco. Oggi della casa non rimangono che poche pietre di un muro di fondazione affacciate sulla parete Sud della rupe ed un edicola votiva con l’immagine del Santo.
